克旗卫生局是依法管理全旗卫生事业的职能部门，下设办公室、疾病控制与妇幼保健股、医政股、财会审计股、卫生执法监督股等5个行政科室。克旗卫生局主要职责是：

1、制订本旗中、长期卫生事业发展规划和年度实施计划，卫生资源配置标准和卫生区域发展规划，制订本旗农村初级卫生保健、城镇社区卫生服务、疾病预防控制、地方病防治、母婴保健、中蒙医药、医学科技教育等领域的发展规划和年度计划，出台相关配套政策，用法律、行政、经济、政策等手段加强宏观管理，调控卫生资源配置，实行卫生工作全行业管理。

2、依据有关法律法规和管理制度，对卫生机构、从业人员、医疗技术应用、大型医疗设备等医疗服务要素以及相关的健康产品实行准入制度，保护人民群众的健康和安全。

3、执行各项卫生法律法规，实行依法行政和卫生行政法制化管理。依法实施各项卫生监督，规范医疗卫生服务行为，加强服务质量监控，打击非法行医，整顿医疗秩序以及规范医疗广告等市场行为。

4、制定和实施本旗卫生资源等卫生经济政策，确保公共卫生服务和弱势人群基本医疗服务的供给，提高健康水平；协调落实医疗卫生事业的补助政策、税收政策和价格政策。

5、定期发布本旗医疗机构服务数量、质量、价格和费用信息，引导病人选择医院、医生，减少医务人员与患者之间因信息不对称而带来的市场缺陷。

6、促进多样化和竞争，营造和推动医疗服务领域有序、平等竞争环境。

7、加强卫生行业中介组织建设，发挥医学会、医院管理学会、医师协会等中介组织和学术团体的作用，加强行业自律、质量监督和医疗技术管理工作。

8、实行卫生工作检查、督查、指导制度和重大工作专项推进制度，发挥组织、协调作用，推进整体工作和专项重点工作健康发展。

9、加强卫生系统党的建设、精神文明建设、思想政治工作，推进党风廉政建设、作风建设、行业作风建设。

10、承办旗政府交办的其他事宜。