1、办公室：

协助局领导处理日常工作，综合协调机关政务工作，负责会议组织，综合性材料起草和机关文秘档案、保密、信息、信访、普法和综合治理；负责和联系对外交流合作、对口支援；负责新闻宣传等工作；负责局机关和直属卫生单位党务工作的综合、协调、督察、宣传等项工作；负责机关车辆管理、公务往来的接待等项工作。研究制定全旗卫生人才发展规划，并组织实施；负责全旗卫生人员的宏观管理和卫生专业技术资格考评、认定及聘任工作；负责局机关及直属单位人事、劳动工资、机构编制、考核、奖惩、任免工作；负责大中专毕业生分配、复员转业军人的安置、干部和专业技术人员及工人的录用与调配等；负责离退休干部管理。

2、财会审计股

统筹规划与协调全旗卫生资源配置，拟定财务管理规章，协调各项卫生经费的利用，负责全旗卫生单位的财务审计和指导卫生单位财务工作，管理机关财务。

3、疾病控制与妇幼保健股

研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施。组织对重大传染病、地方病的综合防治，发布检疫传染病和检测传染病情况，组织调度全旗卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制病情、疾病的发生和蔓延，承办全旗爱国卫生运动委员会办公室的日常工作。?研究拟定农村牧区卫生服务的发展规划和服务标准，指导和落实初级卫生保健规划，研究全旗基层卫生服务体系的改革和建设，制定并指导实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，监督母婴保健专项技术的实施。

4、医政股

研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理办法和服务标准；拟定医护等专业技术人员职业标准、医疗质量标准、服务规范，并监督实施；监督医疗机构质量和服务质量；依法监督管理血站、血库采供血及临床用血质量；组织重大人员伤亡事故的紧急救护工作；负责全旗中蒙医工作。研究拟定全旗重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制定基础研究、应用研究的政策和措施；组织协调重点医药领域科研攻关，指导医学科技成果的推广、普及、应用工作；拟定医学教育发展规划和指导实施，指导全旗医学专业教育工作。组织医疗事故鉴定等工作。组织协调与旗外组织的医学领域的交流与合作，组织全旗医药卫生团体工作。

5、卫生执法与监督股

贯彻执行国家和自治区有关卫生方面的法律、法规、规范技术标准的监督执行；负责卫生法制建设，做好卫生执法监督和卫生行政复议工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生，组织制定全旗食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作